A história do Instituto de Ciências Sociais (INCIS) começa em 1986, com o antigo Departamento de Ciências Sociais (DECIS), órgão da extinta Faculdade de Artes, Filosofia e Ciências Sociais (FAFCS), que congregava, à época, o curso de graduação e os docentes da área de História, bem como os docentes ligados às disciplinas de Sociologia, Antropologia e Ciência Política. Com a separação da área de História, em 1992, o DECIS assumiu institucionalmente a responsabilidade pela oferta das disciplinas específicas da área de Ciências Sociais, ministradas em diversos cursos de graduação e pós-graduação latu senso na UFU.

Em 26 de abril de 1996, após um longo processo de discussão e formulação do respectivo projeto, foi aprovado pelo Conselho Universitário, por meio da Resolução 04/96, o Curso de Graduação em Ciências Sociais. Suas atividades tiveram início a partir do ingresso da primeira turma em fevereiro de 1997, sendo um curso voltado prioritariamente para a formação de bacharéis e licenciados em Ciências Sociais.

Entretanto, antes mesmo da inauguração do curso de graduação, manifestava-se no DECIS a preocupação em desenvolver a pesquisa acadêmica na área. Assim, já em 1996 foi criado o Laboratório do Pensamento Social (LAPES), instrumento articulador da prática de pesquisa acadêmica do seu corpo docente e responsável pela publicação dos Boletins do LAPES. O Boletim tinha como principal objetivo revelar ao público leitor, não restrito ao acadêmico, a produção dos professores do DECIS resultante das atividades de pesquisa, ensino e extensão, nas áreas de conhecimento da Sociologia, Antropologia e Ciência Política. Logo após a implantação do curso de graduação em Ciências Sociais, o LAPES foi reformulado, transformando-se no Centro de Análise em Ciências Sociais (CACIS). Em 2001, com a reestruturação acadêmico/administrativa da UFU e face às novas exigências do Ministério da Educação, o CACIS transformou-se no atual Núcleo de Pesquisa em Ciências Sociais (NUPECS).

Em setembro de 2006, outra importante conquista para o curso e para a área de Ciências Sociais foi a implantação do primeiro grupo de alunos integrantes do Programa Educacional Tutorial Institucional (PET), instrumento indispensável à elevação da qualificação discente. O Grupo PET Institucional Ciências Sociais ainda não integra o PET Sesu/MEC, mas, nos termos da política da Pró-Reitoria de Graduação da UFU, desenvolve todas as suas atividades de acordo com as mesmas normas.

Ao longo dessa trajetória, a área de Ciências Sociais da UFU consolidou-se, não só no sentido de um corpo docente altamente qualificado, hoje constituído de uma maioria quase absoluta de professores doutores, alguns dos quais em nível de pós-doutorado, como também de um contingente significativo de discentes formados, dos quais um destacado número já é participante de programas de pós-graduação na UFU e em outras universidades.

Em 2009 foi aprovado o Programa de Pós-graduação em Ciências Sociais (recomendado pela CAPES em 12 de maio de 2009 - Portaria MEC 970, DOU 13/10/2009 - Parecer CES/CNE 253/2009), com a primeira turma de mestrado iniciando em 2010.

O INCIS só foi formalmente criado em 17/12/2010, pelo Conselho Universitário, por meio da Resolução 31/2010, em função do desmembramento da FAFCS. Herdeiro do antigo DECIS, o Instituto é, atualmente, constituído pela Diretoria, que coordena as suas atividades internas e o representa externamente; pela Graduação em Ciências Sociais (Bacharelado e Licenciatura), pelo Programa de Pós-Graduação em Ciências Sociais (PPGCS), pelo Núcleo de Pesquisa em Ciências Sociais (NUPECS), pelo Laboratório de Ensino em Ciências Sociais (LESOC), pela Coordenação de Extensão (COEXT-INCIS).